Ilk ISMB deneyimi

ISMB/ECCB 2019

melike

6 dakikalık okuma

21-25 Temmuz 2019 arasi Isvicre, Basel’de duzenlenen ISMB konferansina katildim Alandaki en buyuk konferans olma ozelligi tasiyan bu konferans, her yil baska bir yerde duzenleniyor. Iki yilda bir ECCB ve ISMB birlikte yapilirken, diger yillarda ISMB Amerika kitasinda, ECCB Avrupa’da oluyor. Gelecek sene ornegin, ECCB Barcelona’da, ISMB ise Montreal’de duzenlenecek. Bu yil ISMBde 2000den fazla katilimci vardi, 1,100 poster sunuldu ve 650den fazla konusma yapildi! Gelelim bu yilin detaylarina:

Ogrenci Sempozyumu

Ilk gun ISCB Ogrenci Konseyi (SC) tarafindan duzenlenen ogrenci sempozyumu gunuydu. Sabah 9 gibi basladi program ve ilk keynote konusmaci Max Planck Leipzig’den Basel’e labini yeni tasimis olan Barbara Treutlein idi. Cogunlukla beyin organoidlerinden yaptiklari single-cell calismalarindan bahsetti. Ama buna bir de evrimsel boyut getirmisler ve insan, sempanze ve makak organoidlerini calisip karsilastirmislar. Yayin burada. Bunun disinda bir de axolotl rejenerasyonuyla ilgili yaptiklari single-cell analizini anlatti. Yaptiklari calismada rejenerasyonun aslinda gelisimle benzerliginin surecin cok ileri asamalarinda gerceklestigini ve ilk asamanin aslinda tamamen kendine ozgu oldugunu soyluyorlar. Aslinda o asamanin kansere benzer kimi belirtecler icerdigini farkettim sunumda ama makaleyi detayli okumam gerekiyor duzgun bir yorum yapmak icin. Sonrasinda da ogrenci sunumlari oldu. Iki tur konusma vardi, birkac kisi 15 dakika gibi bir sure calismalarini anlatti, bazilari ise posterlerinin cok kisa ozetini sunduklari 3er dakikalik hizli sunumlar gerceklestirdi. Isin kotu tarafi o kadar cok konusma vardi ki posterlere firsat kalmadi. Posterler biraz bosuna oldu diyebilirim. Onun disinda iki keynote daha vardi, biri ensdustri konusmasiydi ve Rosche’dan Dr. Fabian Birzele tarafindan verildi. Genel olarak ilac gelistirme surecinden ve bu surecte kendi takiminin yerinden ve ne gibi calismalar yaptiklarindan bahsetti. Benim icin cok ilgi cekici degildi konu itibari ile ama sempozyumlarda bu tarz konusmalarin olmasini cok olumlu buluyorum, endustriyi daha iyi tanimamizi ve belki on yargilarimizi kirmamizi sagliyor. Son keynote konusmacisi da Christophe Dessimoz idi. Bu konusmayi ciddi anlamda cok begendim. Konusma bilgilendiriciydi ama daha onemlisi yol gosterici, gercek bir keynote konusmasiydi bence. Deneyimlerinden yola cikarak olusturdugumuz modellerde, test edis asamasinda nasil bir yol izlemek gerekir konsteptsel olarak ve orneklerle bunlardan bahsetti. En son slaytinda da aslinda konuyu ozetlemisti: realistik, genel ve verimli metodlardansa basit, olceklenebilir, spesifik ve robust metodlari tercih edin ama ne olursa olsun, diger metodlarla ilgili baglamda kiyaslama (benchmarking) yapin. Konusmanin sonunda da kariyer konulu 2-3 slayt daha eklemisti. Burada verdigi oneriler de gercekten cok iyiydi. Ilk mesaj: akademi tek yol degil. Endustri var, dergiler var, editorluk var, ERC, EMBO, Wellcome Trust gibi yerler var (TRde de Tubitak olur sanirim), hukumetlerde bilimsel danismanlik soz konusu olabilir, biyoenformatikciyseniz veri analizcisi olabilirsiniz gibi uzunca bir liste yapmisti. Ikinci mesaj: akademide yasam: 1) jack of all trades, master of one. yani cok konuda calismaniz olabilir, hatta olmali. ama size ozgu, insanlarin bir konuda danismak ihtiyaci oldugunda kapinizi caldiklari bir konunuz olsun. 2) ozgurluk - akademide yasam ozgur, istediginiz zaman calismaya baslayabilir istediginiz zaman birakabilirsiniz. bunu sizin icin en iyi isleyecek sekilde kullanmak sizin elinizde. 3) rekabet ve direnc: akademi reddedilmelerle dolu. ayakta kalmak ve devam edebilmek kazanabileceginiz en onemli ozellik. Son mesaj da bir kac oneri iceriyordu: 1) kendinize rol model olarak kariyerinde cok ilerlemis insanlari degil sizden bir iki adim otede insanlari alin, 2) kendi ve digerlerinin zamanina deger verin, 3) karsiniza cikan firsatlardan ve gorevlerden maksimum derecede yararlanmaya calisin, 4) eglenin!, 5) girisimci olun, “yapilabilir” mentalitesini sahiplenin, sorumluluk alin. 6) kisa sureli zaman cizelgeniz olsa bile, bitirmeniz gereken isler olsa bile, ileriyi dusunerek kendinize yatirim yapin, 7) hedeflerinizden odun verme derecenizi goz onunde bulundurarak ahlaki ve pratik limitler belirleyin. Bunun da sonrasinda saat 6 civarinda ogrenci sempozyumu kapanisi yapildi. Genel olarak olumlu buldum sempozyumu ama tabii ki gelistirilebilecek cok yonu de var..

ISMB Genel Keynotelar

Bu seneki keynotelar: 1) Nikolaus Rajewsky, 2) William Noble, 3) Alexis Battle, 4) Christophe Dessimoz, ve 5) Bonnie Berger idi. Genel olarak hepsi de etkileyiciydi tabii. Sanirim Christophe Dessimoz haricinde herkesin konusmasi temelde gunumuzde uretilen devasa boyuttaki verilerin islenmesi, anlamlandirilmasi uzerine ve cokca makine ogrenmesi metodlarina deginen konusmalardi diyebilirim. Christophe ise yine bunlardan bahsetmekle birlikte daha cok olusturulan modellerin test edilmesi, kiyaslanmasi konusunda kimi onemli noktalara vurgu yapan, uzun zamandir suregelen varsayimlari sorgulamanin gerekliligine dair bir konusma yapti. Keynotelar cok guzel de olsa acikcasi sabah 08:15te baslamalari benim icin biraz zorluydu. Bir de genel olarak rahatsiz oldugum bir konu keynotelarin Apple urunu tanitan Steve Jobs gibi konusmus olmasi oldu. Anlayamiyorum acikcasi neden boyle bir yapmacik guluse ve yaptigi isi ‘satma’ psikolojisine sahip oluyor insanlar - isin garip tarafi esasinda zaten hali hazirda gayet ilginc guzel projelerden bahsediyorlar. Bakalim zamanla biz ne hale gelecegiz :(

Paralel oturumlar ve COSI gruplari

ISMB tabii ki bu kadar buyuk bir konferans olmasinin da sonucunda paralel oturumlara ve ozel ilgi alanlarina bolunmus durumda. Tek tek ozel ilgi alani gruplarini (COSI) anlatacak kadar bilgim tecrubem yok ama genel olarak bu sistem iyi/kotu neyi getiriyor, bundan bahsetmeye calisayim. Aslinda fikir olarak bence cok iyi. Hesaplamali biyoloji cok genis bir alan ve genel keynote konusmalari haricinda daha ilgili oldugumuz konulari dinleme istegi cok normal. Ancak bir sebepten bu bolunmeler cok iyi yapilmamisti ve neredeyse her COSIde ilgilendigim bir konusma vardi, ordan oraya kostum durdum. Ve bunun sebebi cok da ilgi alanimin genis olmasindan dolayi degildi. Cogu calisma artik tam anlamiyla interdisipliner, kimse ornegin sadece network yaklasimi kullanmiyor, kimse sadece protein yapisi kullanmiyor. Soyle dusunelim, protein-ilac etkilesimi ile belli bir hastalik icin ilac bulmaya odaklanan bir calisma etkilesim verisi itibari ile 3DSig, network yaklasimi ile NetBio, ilac calismasi olmasi ile TransMed’e gidebilir. Belki farkli COSIler birbirleri ile de iletisimde olup, belli tip calismalari tek COSIde toplamaya calisabilirdi. Cunku o odadan o odaya kosturmanin da etkisiyle bu COSIler icinde neredeyse kimseyle tanismamis oldum.

Sunumlar ve posterler

Ne yazik ki bu beni biraz hayal kirikligina ugratan, bilimi sorgulatan, garip bir etki yaratti. Cok fazla konusma ve cok fazla poster vardi, cogu bilimsel kalite acisindan sorun icermeyen gercekten de iyi calismalardi. Ama beni ciddi anlamda rahatsiz eden konu, neredeyse herkesin ayni sorular uzerine ayni algoritmanin kulagi burnu cekilmis versiyonuyla gercek bir ilerleme kaydetmeden cok benzer calismalar yapiyor olmasiydi. Dedigim gibi 1,100 tane poster vardi ama “bu posteri daha once de gormemis miydim?” dedirten o kadar az poster vardi ki!! Ornegin ben TransMed COSIsinde sunumum oldugundan onu bastan sona takip ettim ve herkes hala cancer drug response calisiyor, hala cok benzer algoritmalar, yaklasimlari dogal olarak gercek ilerleme yok. Herkesin tek umudu entellektuel katki yapmadan daha fazla veri uretimi ile ayni yontemi, biyolojik motivasyon olmadan, yeni veriye uygulayinca yeni kesiflerin yapilmasi. Evet bu mumkun, ancak bu bir doktora projesi, postdoc projesi olabilir mi? Biyolojik motivasyon olmadan, soruya yeni yaklasim olmadan, yontemlerin kurcalanmasi ile ne kadar ilerleme kaydedilebilir? Neyse benim icin epey sorgulatici bir deneyimdi bu konferans acikcasi.

Etkinligin genel degerlendirmesi

Her turlu garip etkisine ragmen yine de cok keyif aldigim, yeni seyler tanidigim ogrendigim guzel bir konferansti. Ama Isvicre gibi asiri pahali bolgelerde, bu derece yuksek kayit parasi ile, ogle yemegi kalacak yer saglamadan yapilan bir konferans oldugunu dusunursek, gelecek senelerde gitmeye karar verirken daha dikkatli dusunecegim kesin. Bir yandan herkesi bir araya toplamasi nedeniyle cok verimli gecebiliyorken, bu kadar pahali olmasi gerekiyor mu diye dusundurtuyor acikcasi. Kendimiz karsilamasak bile enstitulere / bilimsel fon saglayan kurumlara gelen para nihayetinde bizler gibi (cogunlugu dusuk ve orta gelirli) insanlarin verdigi vergilerle olusturuluyor ve harcarken belki biraz daha sorumluluk sahibi davranmali ve bu tarz buyuk organizasyonlari bunun farkina varmaya itecek tutum sergilemeliyiz. Bakalim gelecek senelerde bir duzelme mi kotulesme mi gorecegiz ISMBde…

Say something

Comments

Nothing yet.